نيايش هاى نيمه شب و اوراد و اذكار سنّت هميشگى آیت الله سید شهاب الدین مرعشی نجفی « ره » بوده و حتّى از اين نظر صاحب اجازه هم بوده است . او شبهاى بسيارى را با دعا و نيايش به صبح رساند و گرچه خود جز در يك مورد از آن سخن نگفته است ، امّا اطرافيان و اصحاب خاص وى هميشه از نيايش هاى نيمه شب ايشان و اثرات آن سخن ها گفته اند. او خود در وصيتنامه خويش به وارثانش توصيه مى كند كه :

« پس از مرگم ، سجاده اى را كه مدت هفتاد سال بر آن نماز شب مى خوانده ام با من دفن كنيد  »

از اين توصيه استفاده مى شود كه ايشان از سنين جوانى نماز شب مى خوانده و هيچ گاه آن را رها نكرده است . او در وصيتنامه خود به فرزندان ، طلاب و عموم مردم سفارش مى كند كه به خواندن برخى از دعاها مداومت داشته باشند. حتّى در نامه هايى كه به دوستان و يا به علما مى نوشته توصيه مى كرده است كه به فلان دعا اهميّت بسيار بدهند و در خواندن آن لحظه اى درنگ نكنند.